Siehe die Einführung hier:
https://docs.contao.org/dev/getting-...g-development/
Wenn du Anpassungen für eine einzelne Web Applikation (= Contao Installation) machst, dann machst du alles in den jeweiligen Ordnern der Contao Installation. Also DCA Anpassungen in contao/, PHP Code in src/, Service Definitionen in config/ etc. - jeweils im Root der Installation.
Wenn du jedoch Programmcode schreibst, den du dann gerne in mehreren Contao Installationen installieren lassen möchtest, dann musst du natürlich eine richtige Extension aufsetzen (= "contao-bundle").