Da ich selber gerade darüber gestolpert bin. In Contao 4.9 wird es für die Wurzelseite zwei Paletten geben: "root" und "rootfallback". Falls ihr die Root-Palette in euren Projekten/Erweiterungen erweitert, muss dies nun auch in der der "rootfallback" Palette erfolgen.

Weitere Details hier: https://github.com/contao/contao/pull/717