Ja, der andere Fall mit Contao-eigenen Tabellen wird wohl im Install-Tool mit erledigt. Ob das alle möglichen Tabellen betrifft, also auch solche, die nicht zu Contao gehören, da bin ich mir nicht ganz sicher. Ein Blick in den Code wird bestimmt Gewissheit bringen ;). Allerdings passiert es mir öfter mal, dass ich das Install-Tool gar nicht aufrufe, wenn ich Installationen kopiere/verschiebe. Da ändere ich die Zugangsdaten in der localconfig.php und gut ist. Die Pfade stimmen sowieso, weil ich normalerweise nicht in Unterverzeichnissen arbeite.
Aber ist natürlich richtig, dass es für jede mögliche Einstellung im phpMyAdmin bestimmt auch eine passende Anwendung gibt. Man muss sich eben überlegen, was man im konkreten Fall haben will. Die "DROP TABLE/VIEW..." Option wird aber nicht schaden, zumindest solange auch CREATE TABLE Anweisungen geschrieben werden. Für einen "normalen" Dump als Backup oder zum Kopieren einer Contao-Installation kann man das jedenfalls schadlos aktivieren.