Ok, ja habe es mir gerade angesehen und ich hoffe richtig verstanden:
Beim exportieren eines Themes wird bei den singleSRC, multiSRC bzw. orderSRC und ähnlichen Feldern von tl_content, tl_module etc. nicht die UUID exportiert, sondern der Pfad zur Datei. [1]
Beim importieren eines Themes wird dann dieser Pfad in der Datenbank gesucht und wieder die UUID in die entsprechenden Felder zurückgeschrieben. [2]
UUIDs die einfach so sonst irgendwo stehen, also in Insert Tags von Text- oder HTML Elementen, oder in Templates bspw., werden hier nicht berücksichtigt.
[1] system/modules/core/classes/Theme.php #883 - #938
[2] system/modules/core/classes/Theme.php #551 - #593
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