Sorry für die späte Rückmeldung, ich habe versucht das Problem auf einem Testsystem nachzustellen, hat aber nicht geklappt.
Als Workaround habe ich bei der problematischen Domain eine Weiterleitung in die .htaccess von domain.com auf www.domain.com geschrieben. Jetzt tritt da der Fehler natürlich nicht mehr auf, ich habe aber noch einen kurzen Test vor der Weiterleitung gemacht.
Fehlermeldung in der Fehlerkonsole von Firefox auf Mac OS X oder Windows XP.
Fehler: uncaught exception: [Exception... "Security error" code: "1000" nsresult: "0x805303e8 (NS_ERROR_DOM_SECURITY_ERR)" location: "http://www.domain.com/plugins/mootools/mootools.js Line: 292"]
Könnt ihr damit was anfangen?