Du kannst ein Ticket stellen https://github.com/michelf/php-markdown/issues ob der Entwickler eine Option hinzufügt mit welcher man eine Base-URL angeben kann.
Oder ein Ticket bei Contao.
Bis dahin kannst du die Links mit JS entsprechend korrigieren, oder im Template mit str_replace() diese Links vor der Ausgabe korrigieren.
ce_markdown.html5
PHP-Code:
<?php $this->extend('block_searchable'); ?>
<?php $this->block('content'); ?>
<div>
<?php
$search = array('href="#fn:', 'href="#fnref:');
$replace = array('href="{{env::request}}#fn:', 'href="{{env::request}}#fnref:');
$this->content = str_replace($search, $replace, $this->content);
echo $this->content;
?>
</div>
<?php $this->endblock(); ?>
Lesezeichen