Zum Beispiel mal den Debugmodus aktivieren und dort die Zeiten für die einzelnen Abfragen anschauen. Dann wird sich eventuell eine verdächtige Abfrage oder Tabelle rauskristallisieren. Man kann auch eine Kopie bei einem anderen Hoster aufsetzen und die Zeiten vergleichen. Oder ohne es herauszufinden
. Indem man einfach einen Datenbank-Dump macht, dann alle Tabellen löscht und den Dump wieder importiert. Wenn es danach schneller ist ... Man kann auch einfach eine neue Datenbank für den Import verwenden und diese dann in der localconfig.php eintragen. Gab es jedenfalls schon mal, dass das bei identischen Symptomen geholfen hat.
Oder kann es sein, dass einfach die Einträge mit der Zeit immer mehr wurden und irgendwelche Abfragen dadurch sehr langsam werden? Dann kann es helfen, einen Index anzulegen, der diese Abfrage beschleunigt. Würde aber zuerst mal einfach die Datenbank erneuern / austauschen.