Ich kenne das Mate Theme leider nicht aber wenn ich das richtig sehe werden die Farben über Klassen gesetzt und wenn ich in den Entwicklertools des Browsers z.B. zur "sectionTop" die Klasse indigo hinzufüge wird diese auch blau.
Ich habe das Gefühl, dass dieses setzen der Klassen für das Farbschema bei Dir fehlt.
Hier wird das beschrieben https://mate.pdir.de/style-guide/farben.html
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